Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- mpi:openmpi:start [2018/02/16 20:04]
montap01 [Fichier batch]
+++ mpi:openmpi:start [2018/04/10 17:09] (Version actuelle)
montap01 [Compiler avec GCC + OpenMPI]
@@ Ligne 7: / Ligne 7: @@
 <note warning>
-La version OpenMPI disponible est relativement ancienne (1.8.2), datant de l'installation du cluster...
+Les versions OpenMPI disponibles :
+  * 1.8.2 : version d'origine datant de l'installation du cluster
+  * 1.10.7
 </note>
@@ Ligne 38: / Ligne 40: @@
 ===== Compiler avec GCC + OpenMPI =====
-Il faut d'abord décharger les modules Intel, charger l'implémentation OpenMPI :
+Il faut d'abord décharger les modules Intel, charger l'implémentation OpenMPI en choisissant la version souhaitée :
   module unload configuration
   module load mpi/openmpi/1.8.2-gcc64
@@ Ligne 51: / Ligne 53: @@
 ===== Exécuter =====
-  * Sur notre cluster, l'exécution du code MPI est prise en charge par la commande ''srun''
-  * Au sein d'un fichier batch, la commande trouvera automatiquement le nombre adéquat de processus à lancer, en fonction des ressources demandées
 ==== Fichier batch ====
@@ Ligne 60: / Ligne 61: @@
 #SBATCH --ntasks=4
 #SBATCH --time 00:01:00
-#SBATCH --cpus-per-task=2
+#SBATCH --mem-per-cpu=9000
-#SBATCH --partition=rapide
+#SBATCH --partition=normal
-# Magie ... :
-eval "export `mpirun env | grep OMPI_MCA_orte_precondition_transports`"
 module unload configuration
 module load mpi/openmpi/1.8.2-gcc64
-srun  ./hello_mpi
+mpirun  ./hello_mpi
+</file>
+==== Alternative ====
+Pour un job distribué, on peut aussi utiliser ''srun''. Ne fonctionne pas si 2 processus sont sur le même noeud physique (pb inititialisation communication par SHM)
+<file>
+eval export `mpirun env | grep OMPI_MCA_orte_precondition_transports`
+srun ./hello_mpi
 </file>

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