Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- slurm:les-bases [2022/12/21 12:21]
montap01 [Principe]
+++ slurm:les-bases [2023/01/03 15:32] (Version actuelle)
montap01 [Calcul sur GOPU]
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 Pour exécuter un programme, vous devez le soumettre à l’ordonnanceur (//scheduler//). Le logiciel utilisé comme ordonnanceur sur notre cluster est // [[http://slurm.schedmd.com/ | slurm]]//. Il exécutera votre programme (//job//) en différé, quand les ressources (CPU, mémoire) nécessaires à votre travail seront disponibles "quelque part" dans le cluster, sur un des nœuds dédiés aux calculs.
-===== Soumettre un job =====
-==== Principe ====
-Il faut préparer un fichier texte (de type //shell script//) qui décrit :
-  * les ressources nécessaires : quantité de mémoire, nombre de CPU
-  * le temps d’exécution maximum prévu
-  * la //partition// voulue (plus de détails ci-après)
-  * la ou les commandes à exécuter
-Ensuite, la commande ''sbatch'' permet de soumettre le fichier batch, autrement dit de créer un //job// slurm qui sera exécuté dès que les ressources demandées seront disponibles.
+===== Premier exemple pratique =====
-==== Dépassement des ressources ====
+==== Fichier batch et soumission  ====
-<note important>Si votre job dépasse certaines quantités demandées (mémoire, temps d'exécution), il sera automatiquement tué par slurm.</note>
+Nous créons un fichier texte ''mon_programme.batch'' (n'importe quel nom est admissible) :
-===== Partition =====
-Un élément est **primordial** quand vous soumettez un job : la //partition//
-  * c'est un groupe de nœuds de calcul du cluster, avec une priorité
-  * des //limites// sont associées à chacune : temps maximal d'exécution, nombre de CPU utilisables (au total ou par utilisateur)
-  * certaines sont //pré-emptibles// : un job en cours pourra être suspendu s'il faut libérer des ressources pour un autre, plus prioritaire
-Vous pourrez par la suite consulter la liste complète des [[partitions-qos | partitions et QoS utilisables]], ou la page [[:gpu:utilisation | utilisation des noeuds GPU]]. Nous présentons ci-après les choix les plus usuels.
-==== Travaux de très courte durée ====
-Utilisez ''partition=rapide''
-  * pour les travaux très courts (< 1 heure) : mise au point du code, tests
-  * limites d'usage basses
-==== Travaux "normaux" ====
-Utilisez ''partition=normal''
-  * pour les jobs les plus communs (**2 jours maximum**)
-===== Premier exemple =====
-Ce premier exemple est adapté pour un programme //séquentiel//, qui n'utilise qu'un seul processus sans //threads// (processus léger).
-==== Fichier batch ====
-Nous créons un fichier texte ''mon_programme.batch'' :
 <code>
 #!/bin/bash
 #SBATCH --partition=rapide
 #SBATCH --ntasks=1
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 </code>
-==== Soumission du travail ====
 Ensuite, on indique à slurm que l'on veut lancer ce job :
   sbatch mon_programme.batch
-==== Options sbatch ====
+Et voilà, votre code ''mon_programme'' sera exécuté dès que le cluster aura des //ressources// disponibles ! Nous allons maintenant détailler le contenu du fichier //batch// et comment slurm travaille..
-Les lignes ''#SBATCH'' sont des **options pour la commande ''sbatch''** (et considérées comme des commentaires pour le shell -- elles commencent avec ''#'').
-  * ''%%--%%partition=rapide'' sélectionne la //partition//
+==== Explications ====
-  * ''%%--%%ntasks=1'' donne le nombre de processus
+Le fichier texte ''mon_programme.sbatch'' est de type //shell script//.
-  * ''%%--%%mem-per-cpu=100'' donne la **quantité de mémoire en Mo** pour chaque CPU. **Le job sera tué si la quantité consommée excède la valeur demandée**
-  * ''%%--%%time=00:30:00'' donne la durée maximale du job, au format JOUR-HH:MM:SS . **Le job sera tué si la quantité consommée excède la valeur demandée**
-==== Points d'attention ====
+Mais il possèdes des //commentaires// spéciaux, commençant par ''#SBATCH '', placés en première partie du fichier. Ces directives destinées à slurm indiquent :
-<note important>
+  * la //partition// voulue (plus de détails ci-après)
+  * les ressources nécessaires : nombre de processus qui seront lancés, quantité de mémoire, nombre de CPU
+  * le temps d’exécution maximum prévu
+Dans notre exemple :
+  * ''%%--%%partition=rapide'' sélectionne la //partition// nommée ''rapide''
+  * ''%%--%%ntasks=1'' donne le nombre de processus qui sera exécuté dans le batch -- En général, on met "1" pour un programme séquentiel ou multi-threadé, une valeur > 1 seulement pour les programmes MPI
+  * ''%%--%%mem-per-cpu=100'' donne la **quantité de mémoire en Mo** pour chaque CPU. Le job sera tué si la quantité consommée excède la valeur demandée :!:
+  * ''%%--%%time=00:30:00'' donne la durée maximale du job, au format JOUR-HH:MM:SS . Le job sera tué si la quantité consommée excède la valeur demandée :!:
+Dans sa seconde partie, le fichier contient la ou les commandes à exécuter.
+La commande ''sbatch'' permet de soumettre le fichier batch, autrement dit de créer un //job// slurm qui sera exécuté dès que les ressources demandées seront disponibles. ''sbatch'' a affiché le //Job ID//, un numéro unique associé au job soumis.
+Toutes les directives (''#SBATCH ...'') sont en pratique des //options// de la commande ''sbatch''. Il est simplement plus facile de les inscrire dans le fichier //batch// que de les taper sur la ligne de commande.
+===== Où est mon job ? Comment l'arrêter ? =====
+Une fois votre //job// soumis, vous pouvez examiner la //queue//, c'est-à-dire la liste des travaux en attente ou en cours d'éxécution.
+Pour voir tous les jobs dans la file :
+  squeue -l
+Les //job// ont un //état// associé -- Les 2 principaux sont :
+  * ''PENDING'' : en attente
+  * ''RUNNING'' : en cours d'exécution
+Vous pouvez stopper un job en cours avec :
+  scancel <JOB_ID>
+Pour plus d'informations, consultez le contenu de la rubrique dédiée à [[start | slurm ]]
+==== Où sont stockés les résultats du job ? ====
+Slurm exécute le job depuis le dossier où vous étiez quand vous avez soumis le job.
+Par défaut, les sorties standards et d'erreur (qui s'affichent sur le terminal) sont redirigées vers le fichier ''slurm-<JOB_ID>.out''
+==== Dépassement des ressources ====
+<note important>Si votre job dépasse certaines quantités demandées (mémoire, temps d'exécution), il sera automatiquement tué par slurm.</note>
+===== Les partitions slurm =====
+Un élément est **primordial** quand vous soumettez un job : la //partition//
+  * c'est un groupe de nœuds de calcul du cluster, avec une priorité
+  * des //limites// sont associées à chacune : temps maximal d'exécution, nombre de CPU utilisables (au total ou par utilisateur)
+  * certaines sont //pré-emptibles// : un job en cours pourra être suspendu s'il faut libérer des ressources pour un autre, plus prioritaire :!:
+Vous pourrez par la suite consulter la liste complète des [[partitions| partitions utilisables]], ou la page [[:gpu:utilisation | utilisation des noeuds GPU]]. Nous présentons ci-après les choix les plus usuels.
+==== Travaux de très courte durée ====
+Utilisez ''partition=rapide''
+  * pour les travaux très courts (< 1 heure) : mise au point du code, tests
+  * limites d'usage basses
+==== Travaux "normaux" ====
+Utilisez ''partition=normal''
+  * pour les jobs les plus communs (**2 jours maximum**)
+==== Calcul sur GPU ====
+Partition ''gpu''
+==== Points d'attention sur les ressources ====
   * Vous **devez** indiquer les ressources mémoire et temps nécessaires, car les valeurs par défaut sont très basses et ne permettraient certainement pas à votre travail de se terminer
   * Les quantités demandées en temps, CPU, mémoire doivent être compatible avec la //partition//, sinon ils ne seront pas acceptés lors de la soumission
   * Un job consommant plus de mémoire ou de temps que demandé sera tué
-</note>
-===== Résultats du job =====
-Par défaut, les sorties standards et d'erreur sont redirigés vers le fichier ''slurm-<JOB_ID>.out''
-===== Inter-agir avec slurm =====
-==== Voir la file d'attente ====
-Voir tous les jobs dans la file :
-  squeue -l
-==== Arrêter  un job en cours ====
-  scancel <JOB_ID>
-===== Pour plus d'information =====
-Consultez le contenu de la rubrique dédiée à [[start | slurm ]]

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