Logiciel de transformation de format des données de séquençage génétique.

• Versions installées :
  • 2.17.1.14

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

bcl2fastq a été placé dans l'ensemble bio

Pour charger seulement l'environnement de bcl2fastq dans une version particulière :

module load bio/bcl2fastq/2.17.1.14

Le logiciel bcl2fastq fonctionne par défaut en multi-threadé, autrement dit en utilisant plusieurs coeurs sur un serveur. Il faut donc obligatoirement réaliser une réservation slurm qui en tienne compte, et lancer de préférence le logiciel avec les bonnes options

Les options suivantes doivent être utilisées avec bcl2fastq :

• -r, --loading-threads : Number of threads used for loading BCL data. Default depends on architecture
• -d, --demultiplexing-threads : Number of threads used for demultiplexing. Default depends on architecture
• -p, --processing-threads Number of threads used for processing demultiplexed data. Default depends on architecture
• -w, --writing-threads : Number of threads used for writing FASTQ data. This number must not be higher than number of samples. Default depends on architecture

Exemple de fichier slurm

#!/bin/bash
#
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=300
#SBATCH --time 00:01:00

export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
module load bio/bcl2fastq/2.17.1.14

./bcl2fastq --loading-threads 2 \
  --demultiplexing-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
  --processing-threads $SLURM_CPUS_PER_TASK \
  --writing-threads 2