Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- logiciels:bio:bcl2fastq [2016/03/18 09:32]
montap01 [Sélection de la version]
+++ logiciels:bio:bcl2fastq [2016/03/18 09:36] (Version actuelle)
montap01
@@ Ligne 19: / Ligne 19: @@
 ==== Utilisation avec slurm ====
-Le logiciel //bcl2fastq// fonctionne **par défaut** en //multi-threadé//, autrement dit en utilisant plusieurs coeurs sur un serveur. Il faut donc **obligatoirement** réaliser une réservation slurm qui en tienne compte, et lancer de préférence le logiciel avec les bonnes options :!:
+Le logiciel //bcl2fastq// fonctionne **par défaut** en //multi-threadé//, autrement dit en utilisant plusieurs coeurs sur un serveur. Il faut donc réaliser une réservation slurm qui en tienne compte, et lancer de le logiciel avec les bonnes options :!:
 Les options suivantes doivent être utilisées avec bcl2fastq :
@@ Ligne 31: / Ligne 31: @@
 #!/bin/bash
 #
+#SBATCH --partition=normal
 #SBATCH --ntasks=1
 #SBATCH --cpus-per-task=8
 #SBATCH --mem-per-cpu=300
-#SBATCH --time 00:01:00
+#SBATCH --time 01:00:00
-export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
 module load bio/bcl2fastq/2.17.1.14

Calcul en Limousin