Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- logiciels:bio:gatk [2014/10/20 11:57]
montap01 [gatk]
+++ logiciels:bio:gatk [2017/03/09 15:46] (Version actuelle)
montap01 [gatk]
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   * Site web : https://www.broadinstitute.org/gatk/
   * Versions installées :
-    * 3.2-2 (GATK seul et Queue)
+    * 3.2-2 (GATK et Queue)
+    * 3.7 (GATK et Queue) :!: nécessite en plus le chargement de [[../Java]] 1.8
 ===== Conditions d'utilisation =====
+La licence est valide pour un **usage académique de recherche hors contrat**.
 Extrait de la licence :
@@ Ligne 13: / Ligne 17: @@
 ===== Utilisation =====
 ==== Sélection de la version ====
-Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..:modules]]
+Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[:modules]]
 //gatk// a été placé dans l'ensemble ''bio''
@@ Ligne 25: / Ligne 29: @@
 ==== Lancer GATK ou QUEUE ====
+Gatk (ou Queue) est une librairie JAVA. Vous devez suivre la documentation de gatk pour apprendre à lancer les commandes. Sur CALI, les fichier JAR sont installés sous le dossier ''$GATK_HOME'', la commande java devient alors :
+  java -jar $GATK_HOME/GenomeAnalysisTK.jar -T CountReads -R exampleFASTA.fasta -I exampleBAM.bam
+avec dans cet exemple :
+  * ''-T CountReads'' specifies which analysis tool we want to use
+  * ''-R exampleFASTA.fasta'' specifies the reference sequence
+  * ''-I exampleBAM.bam'' specifies the file of aligned reads we want to analyze.
 ==== Travailler avec slurm ====
 /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */
 /* Exemples de batch spécifiques */

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