Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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logiciels:gamess [2014/10/09 19:00] montap01 |
logiciels:gamess [2014/10/10 19:20] (Version actuelle) montap01 |
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Ligne 7: | Ligne 7: | ||
* Site web : http:// | * Site web : http:// | ||
* Versions installées : | * Versions installées : | ||
- | * FIXME en cours d' | + | * 2013/ |
+ | ===== Citation ===== | ||
<note warning> | <note warning> | ||
GAMESS n'est pas un logiciel libre. Sa licence impose entre autre la contrainte suivante : | GAMESS n'est pas un logiciel libre. Sa licence impose entre autre la contrainte suivante : | ||
- | < | + | |
If results obtained with GAMESS are published in the scientific literature, I will reference the program from the article M.W.Schmidt, | If results obtained with GAMESS are published in the scientific literature, I will reference the program from the article M.W.Schmidt, | ||
- | </ | ||
**Vous devez donc respecter ces conditions si vous utilisez des résultats obtenus avec GAMESS** | **Vous devez donc respecter ces conditions si vous utilisez des résultats obtenus avec GAMESS** | ||
</ | </ | ||
+ | ===== Paramètres de compilation ===== | ||
+ | Plusieurs paramètres peuvent être réglés uniquement lors de la phase de compilation de GAMESS. | ||
+ | |||
+ | ==== Paramètres de parallélisation ==== | ||
+ | set MAXCPUS | ||
+ | set MAXNODES = 256 | ||
+ | |||
+ | ==== Paramètres de taille max des systèmes ==== | ||
+ | Les paramètres de taille max modificables sont : | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | MXATM = max number of ab initio atoms | ||
+ | MXAO = max number of basis functions | ||
+ | MXGSH = max number of Gaussians per shell | ||
+ | MXSH = max number of symmetry unique shells | ||
+ | MXGTOT= max number of symmetry unique Gaussians | ||
+ | MXRT = max number of MCSCF/CI states | ||
+ | MXFRG = max number of effective fragment potentials | ||
+ | MXDFG = max number of different effective fragments | ||
+ | MXPT = max number of points in any one term of any EFP | ||
+ | MXFGPT= maximum storage for all EFPs, and is sized for a large number of EFPs | ||
+ | with a small number of points (solvent applications), | ||
+ | number of EFPs with many points (biochemistry). | ||
+ | MXSP = max number of spheres (sfera) in PCM | ||
+ | MXTS = max number of tesserae in PCM | ||
+ | MXABC = max number of A,B,C matrices in the COSMO algorithm. The default value | ||
+ | of 6000 allows the construction of cavities for roughly 150 to 200 atoms. | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | La version '' | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | MXATM=2000 | ||
+ | MXAO=8192 | ||
+ | MXGSH=30 | ||
+ | MXSH=5000 | ||
+ | MXGTOT=20000 | ||
+ | MXRT=100 | ||
+ | MXFRG=1050 | ||
+ | MXDFG=5 | ||
+ | MXPT=2000 | ||
+ | MXFGPT=12000 | ||
+ | MXSP=0 | ||
+ | MXABC=6000 | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Si vous avez besoin de systèmes plus grands, donnez-nous les valeurs adaptées. | ||
===== Utilisation ===== | ===== Utilisation ===== | ||
+ | |||
==== Sélection de la version ==== | ==== Sélection de la version ==== | ||
Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..: | Pour sélectionner la version voulue : utiliser les [[..: | ||
Ligne 24: | Ligne 72: | ||
Par exemple : | Par exemple : | ||
module load gamess | module load gamess | ||
+ | |||
+ | ==== Commande GAMESS ==== | ||
+ | Une fois l' | ||
==== Travailler avec slurm ==== | ==== Travailler avec slurm ==== | ||
/* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ | /* Faut-il utiliser des fichiers de commandes spéciaux ? */ | ||
/* Exemples de batch spécifiques */ | /* Exemples de batch spécifiques */ |