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logiciels:r

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

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logiciels:r [2014/10/10 20:38]
montap01 [Utilisation en mode batch] 		logiciels:r [2022/01/14 12:08] (Version actuelle)
montap01 [R]
Ligne 5: Ligne 5:
   * Versions :   * Versions :
     * 3.0.3      * 3.0.3 
-    * 3.1.1+    * 3.1.1 (version par défaut) 
 +    * 3.1.2 
 +    * 3.2.2 
 +    * 3.2.3-gnu 
 +    * 3.4.2 
 +    * 3.5.3-gnu+mkl 
 +    * 4.0.0-gnu+mkl 
 +    * 4.1.0-gnu+mkl
  
-Notez que R est compilé avec le compilateur Intel, la librairie MKL et le support d'OpenMP. Certains packages permettent de tirer profit du parallélisme de CALI. Voir http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html+Compilateur et librairies mathématiques utilisés :  
 +  * sans autre indication, R est compilé avec le compilateur Intel, la librairie MKL et le support d'OpenMP 
 +  * les versions ''-gnu'' sont compilées avec la suite de compilateurs GNU, éventuellement avec la librairie Intel MKL (''+mkl'') 
 + 
 +Certains packages permettent de tirer profit du parallélisme de CALI. Voir http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html
  
 Des //packages// additionnels de R ont été installés également depuis le RCRAN. Des //packages// additionnels de R ont été installés également depuis le RCRAN.
 +
 +===== Module parallèle Rmpi =====
 +Rmpi est installé.
 ===== Utilisation ===== ===== Utilisation =====
  
Ligne 18: Ligne 32:
   module load R/3.1.1   module load R/3.1.1
  
-__Avertissement__ L'exécutable de R est lié dynamiquement aux librairies du compilateur Intel. Vous devez avoir un [[intel-composer#choix_de_la_version | environnement configuré pour ce compilateur]] sinon vous aurez une erreur ''... error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file ...''+__Dépendances__ 
 +  - L'exécutable de R est lié dynamiquement aux librairies du compilateur Intel. Vous devez avoir un [[intel-composer#choix_de_la_version | environnement configuré pour ce compilateur]] sinon vous aurez une erreur ''... error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file ...'' 
 ==== Utilisation en mode batch ==== ==== Utilisation en mode batch ====
 Vous devez :  Vous devez : 
Ligne 46: Ligne 62:
  
 ===== Modules additionnels de R ===== ===== Modules additionnels de R =====
-Certains dépôts de modules, accessibles à tout le monde, sont gérés par des utilisateurs du cluster. Vous pouvez les ajouter en créant le fichier ''.Renviron'' dans votre //home directory//.+Des modules additionnels de R, issus du //CRAN//, ont été installés dans les librairies systèmes. Pour connaître la liste des modules disponibles, vous pouvez utilisez la commande ''installed.packages'' de R. 
 + 
 +En plus des emplacements systèmes, d'autres dépôts de modules sont gérés par des utilisateurs du cluster. Vous pouvez les ajouter en créant le fichier ''.Renviron'' dans votre //home directory//.
  
   * Pour utiliser le dépôt géré par Ingenomix <file>   * Pour utiliser le dépôt géré par Ingenomix <file>
 R_LIBS=${R_ROOT}/lib-engenomix R_LIBS=${R_ROOT}/lib-engenomix
 </file> </file>
logiciels/r.1412966314.txt.gz · Dernière modification: 2014/10/10 20:38 de montap01

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