R is a free software environment for statistical computing and graphics.

• Site web : http://www.r-project.org/
• Versions :
  • 3.0.3
  • 3.1.1

Notez que R est compilé avec le compilateur Intel, la librairie MKL et le support d'OpenMP. Certains packages permettent de tirer profit du parallélisme de CALI. Voir http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html

Des packages additionnels de R ont été installés également depuis le RCRAN.

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Par exemple :

module load R/3.1.1

Avertissement L'exécutable de R est lié dynamiquement aux librairies du compilateur Intel. Vous devez avoir un environnement configuré pour ce compilateur sinon vous aurez une erreur … error while loading shared libraries: libifport.so.5: cannot open shared object file …

Vous devez :

1. créer un fichier de commandes R
2. puis faire un batch pour slurm qui appelle ce fichier

Exemple :

• Fichier d'input hello.r

  print ('Hello')
  q(save="no")

• Fichier batch pour slurm hello.sbatch

  #!/bin/bash
  #SBATCH --job-name=hello_R
  #SBATCH --partition=rapide
  #SBATCH --qos=rapide
  # !! Si vous faites des "vrais" calculs : donner le nombre de CPU, le temps et la mémoire nécessaires
  
  module load R/3.1.1
  
  R --no-save < hello.r

• Et on soumet le batch

  sbatch hello.sbatch

Certains dépôts de modules, accessibles à tout le monde, sont gérés par des utilisateurs du cluster. Vous pouvez les ajouter en créant le fichier .Renviron dans votre home directory.

• Pour utiliser le dépôt géré par Ingenomix

  R_LIBS=${R_ROOT}/lib-engenomix