R is a free software environment for statistical computing and graphics.

• Site web : http://www.r-project.org/
• Version : 3.1.1

Notez que R est compilé avec le support d'OpenMP, et certains packages permettent de tirer profit du parallélisme de CALI. Voir http://cran.r-project.org/web/views/HighPerformanceComputing.html

Pour sélectionner la version voulue : utiliser les modules

Par exemple :

module load R/3.1.1

Vous devez :

1. créer un fichier de commandes R
2. puis faire un batch pour slurm qui appelle ce fichier

Exemple :

• Fichier d'input hello.r

  print ('Hello')
  q(save="no")

• Fichier batch pour slurm hello.sbatch

  #!/bin/bash
  #SBATCH --job-name=hello_R
  #SBATCH --partition=rapide
  #SBATCH --qos=rapide
  # Si vous faites des gros calculs : donner le nombre de CPU, le temps et la méoire
  
  module load R/3.1.1
  
  R --no-save < hello.r

• Et on soumet le batch

  sbatch hello.sbatch